5.8.9.-Libre de enfermedades, malezas, plagas y sustancias tóxicas
Se deben evitar materiales que esten contaminados por esporas de hongo y plagas o que contengan semillas de plantas no deseables para los cultivos, así como aquellos que estén contaminados con productos químicos o que contengan sustancias tóxicas para las plantas, como sales solubles en exceso, grasas y aceites.
La mayoría de los sustratos comerciales están esterilizados de origen, una vez que han sido usados, para reciclarlos conviene esterilizarlos. La esterilización puede realizarse sometiendo los materiales a un proceso de aplicación de vapor de agua o a un periodo de exposición al sol, conocido como solarización. En ambos casos la esterilización es más eficiente si se les cubre con una película de plástico. Esta actividad también puede hacerse con productos químicos como el bromuro de metilo, producto peligroso que afecta la capa de ozono motivo por el cual su empleo ha sido prohibido en los países desarrollados.